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NixOS 與其他 Linux 發行版的主要區別在於，NixOS 不遵循 Linux 標準規範（LSB） 的文件系統結構。在遵循 LSB 的系統中，軟體通常存儲在 /{,usr}/{bin,lib,share} 目錄下，而配置文件通常存儲在 /etc。如果程序的可執行文件被放置在 LSB 的某個 /bin 目錄下，那麼它就可以在用戶環境中被訪問。當一個程序引用動態連結庫時，它將在 LSB 目錄（/lib、/usr/lib）中搜索所需的庫。