新手的大多數困惑源於配置文件和所有已安裝軟件包均存儲於只讀的 /nix/store 目錄樹下這一事實。這實際上使得手動編輯系統配置變得不可能；所有配置更改必須通過編輯 /etc/nixos/configuration.nix 文件並運行 nixos-rebuild switch 後才可生效。NixOS 提供了 模塊系統 以供編輯所有需要的配置。用戶應在期望通過低層級的 NixOS 功能（如 activation scripts）手動添加文件或配置之前，首先使用 配置選項搜索工具 檢查所需選項是否已存在。