新手的大多数困惑源于配置文件和所有已安装软件包均存储于只读的 /nix/store 目录树下这一事实。这实际上使得手动编辑系统配置变得不可能；所有配置更改必须通过编辑 /etc/nixos/configuration.nix 文件并运行 nixos-rebuild switch 后才可生效。NixOS 提供了模块系统以供编辑所有需要的配置。用户应在期望通过低层级的 NixOS 功能（如 activation scripts）手动添加文件或配置之前，首先使用配置选项搜索工具检查所需选项是否已存在。
